羽生蛇村では古くから村独自の土着信仰が存在していたと言われている。詳しいことはほとんど知られていないが、この土着信仰こそが羽生蛇村の謎を解く鍵になるのではないかと考えられる。残された記録によると、その土着信仰は「眞魚教」と呼ばれるもので、羽生蛇村の村民の大半がその信者であったと考えられる。眞魚教の聖典写本または御詠歌が存在すると言われてはいるものの、詳しいことはわかっていない。村の各地には独特の形状をした木製の碑があり、眞魚教に由来するものと考えられることからマナ字架と呼ばれることもあったようである。